전국언론노조 KBS본부는 "김시곤 보도국장이 지난달 말, 여러 후배 기자들 앞에서 '세월호 사고는 300명이 한꺼번에 죽어 많아 보이지만 연간 교통사고로 죽는 사람 수를 생각하면 그리 많은 건 아니다'는 취지의 발언을 했다"고 밝혔다. 또 "김시곤 보도국장은 세월호 참사 이후 앵커들에게 검은 옷 착용 금지를 지시했고 '용산 참사'를 '용산 사건'으로, 박근혜 정부의 '공약 파기'는 '공약 수정'으로 고쳐 보도하라는 지침을 내렸다. KBS '9시 뉴스'는 한 종편 방송을 그대로 베껴 KBS의 공정성을 훼손했다. 이에 기자들은 취재 현장에서 분노한 시민에 공격당하고 재난방송도 유례없는 시청률 하락세를 보였다. 이런 상황에서 세월호 참사 희생자 유가족과 실종자 가족에 큰 상처를 준 김시곤 보도국장의 사과와 사퇴를 요구한다"고 주장했다.
한편 김시곤 보도국장은 지난 4월 28일에도 "검은 옷 착용은 아직 살아있을 수 있는 실종자를 사망한 것으로 결론짓는 것 아니냐는 시청자들의 문제 제기로 검은 옷 착용을 금지시켰다"며 사내 앵커들에게 검은 옷을 입지 말라고 지시해 논란을 야기한 바 있다.